พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่๕ ได้ทรงสถาปนามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยขึ้น เมื่อ พ.ศ. ๒๔๓๐ ตั้งอยู่ที่วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ในครั้งแรกได้ทรงพระราชทานนามว่า “มหาธาตุวิทยาลัย”มหาธาตุวิทยาลัย เปิดสอนครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. ๒๔๓๒ ต่อมาพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชทานนามใหม่ว่า “มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย” เมื่อวันที่ ๑๓ กันยายน พ.ศ. ๒๔๓๙ โดยทรงมีพระราชประสงค์ให้ใช้เป็นสถานศึกษาพระไตรปิฎก และวิชาชั้นสูงสำหรับพระภิกษุสามเณรและคฤหัสถ์เพื่อสืบสานพระราชปณิธานของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ พระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺตมหาเถร) อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ได้จัดประชุมพระเถรานุเถระฝ่ายมหานิกาย จำนวน ๕๗ รูป เมื่อวันที่ ๙ มกราคม พ.ศ. ๒๔๙๐ เพื่อดำเนินการจัดการศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาชั้นสูงระดับมหาวิทยาลัย เปิดสอนระดับปริญญาตรีครั้งแรก เมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๙๐ คณะแรกที่เปิดสอน คือ คณะพุทธศาสตร์
ตลอดระยะเวลากว่า ๖๐ ปี ที่เปิดสอนระดับอุดมศึกษา มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ผลิตบัณฑิตตามพันธกิจเน้นความเป็นเลิศทางวิชาการด้านพระพุทธศาสนา และให้บริการวิชาการแก่สังคม จากการที่มหาวิทยาลัยได้ผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพเพื่อรับใช้สังคม ประเทศชาติและพระศาสนา รัฐบาลได้เสนอให้รัฐสภาตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๔๐ ให้เป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ทรงลงพระปรมาภิไธย เมื่อวันที่ ๒๑ กันยายน พ.ศ.๒๕๔๐ และประกาศในพระราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ มหาวิทยาลัยนี้ จึงมีชื่อตามกฎหมายว่า “มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย” คณะพุทธศาสตร์ เป็นคณะแรกของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ที่เปิดการศึกษาเน้นหนักในด้านภาษาบาลี พระพุทธศาสนา ศาสนาและปรัชญา ในชั้นแรกแบ่งหลักสูตรออกเป็น ๔ ภาควิชา คือ :-
๑. ภาควิชาภาษาบาลี
๒. ภาควิชาพระพุทธศาสนา
๓. ภาควิชาศาสนาและปรัชญา
๔. ภาควิชาภารตวิทยา
ใน พ.ศ. ๒๔๙๗ มีผู้สำเร็จปริญญาพุทธศาสตรบัณฑิต (พธ.บ.) รุ่นแรก จำนวน ๔ รูป และอนุปริญญา (อนุ พธ.บ.) จำนวน ๒ รูป
คณะพุทธศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย แบ่งการศึกษาออกเป็น ๓ ภาควิชา มี ๗ สาขาวิชาเอก และ ๒ สาขาวิชาโท ดังต่อไปนี้ :-
๑. ภาควิชาพระพุทธศาสนา
– สาขาวิชาพระพุทธศาสนา
– สาขาวิชาพระอภิธรรม
– สาขาวิชาพระพุทธศาสนา (หลักสูตรภาคภาษาอังกฤษ)
– วิชาโทโบราณคดี
– บัณฑิตศึกษา หลักสูตรพุทธศาสนามหาบัณฑิต สาขาวิชาพระไตรปิฎกศึกษา
๒. ภาควิชาศาสนาและปรัชญา
– สาขาวิชาศาสนา
– สาขาวิชาปรัชญา
– สาขาวิชาปรัชญา (หลักสูตรภาคภาษาอังกฤษ)
– บัณฑิตศึกษา หลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ
๓. ภาควิชาบาลีและสันสกฤต
– สาขาวิชาภาษาสันสกฤต
– สาขาวิชาบาลีพุทธศาสตร์
– สาขาวิชาภาษาบาลี
– สาขาวิชาบาลีสันสกฤต
– วิชาโทภาษาฮินดี
– หลักสูตรประกาศนียบัตรภาษาบาลี
ภาควิชาศาสนาและปรัชญา
-พุทธศาสตรบัณฑิต
– สาขาวิชาศาสนา (บรรพชิต)
– สาขาวิชาศาสนา (หลักสูตรภาคภาษาอังกฤษ)
– สาขาวิชาปรัชญา
– สาขาวิชาปรัชญา (หลักสูตรภาคภาษาอังกฤษ)
-พุทธศาสตรมหาบัณฑิต
– สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ (บัณฑิตศึกษาระดับปริญญาโท)
-พุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิต
– สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ (บัณฑิตศึกษาระดับปริญญาเอก)